首先，通风只对间断性污染，如吸烟、使用厨房灶具等，具有明显改善效果。但是对于连续性重度污染，效果就会大打折扣。

其次，自然通风的时间有限，还易受室外空气质量影响，如果出现风沙、雾霾等天气，通风不当反而将会恶化室内空气质量。

最后，机械通风系统也会有污染。在通风系统中，尘埃会沉降在风管内或留在过滤器上，而这些潮湿的环境，会形成新的污染源，从而加重室内污染。